辦理三體系認證的費用主要由以下部分組成：
首先是審核費用，ISO9001證書的有效期是三年，每年都要進行一次年審，那么審核的費用就包括了初審和年審的費用。
企業首次申請認證稱之為初審，初審的費用主要與公司人數和企業所在行業有關。另外，企業選擇不同的認證機構，費用也會不一樣。目前，全國的認證機構有幾百家，其中包含了一些外資機構，一般來說外資機構的費用會高于國內的認證機構，例如SGS、TUV、BV等機構，收取的費用至少會是12000元起步。國內的認證機構，一般費用會從5000元起步。
山西三體系認證機構東利聯合提醒：企業首次獲得ISO9001證書之后，還要進行第二、第三年的監督審核，我們稱之為年審，年審的費用通常會比初審費用便宜一些。
如果企業為了降低風險，提高認證通過率，需要找第三方咨詢機構進行輔導，則還會產生一定的咨詢費用。
除此之外，項目審核期間產生的差旅費用通常也是由企業進行實報實銷來承擔的。
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